高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵...

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北...

月臣学院高等部一年级的鸣海步（铃村健一 配音）拥有着极高的智商和缜密的推理能力，但即使是这样，小时候的他也一直都生活在哥哥鸣海清（井上和彦 配音）的阴影里。令他意想不到的是，两年前的某天，哥哥留下了“诅咒之子”的讯息后神秘失踪了。对于哥哥的失踪，鸣海步一直都耿耿于怀，他既想得知一直敬仰的哥哥的下落，又想弄清楚哥哥一直痴迷于研究的所谓的“诅咒之子”和“不为人知的真相”究竟是什么。鸣海步结识了学姐结崎...