晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰...

东方院行人（下野紘 配音）是一个不太擅长和女孩子打交道的害羞少年，在一次负气出走中，倒霉的行人竟然遇见了百年难得一见的超级暴风雨。顺着海浪，行人漂流到了一座叫做蓝岛的岛屿上，而这竟然是一个全部都是女孩子的圣地！从来没有见过男孩子的女孩们对行人的到来产生了莫大的兴趣，为了避免混乱发生，岛上的长老决定举行一个“夫婿捉鬼游戏大会”，对于行人来说，他要做的唯一事情即是拼命逃跑。 　　在岛上，行人结识了傻...

宇宙世纪0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡，由此引发了连番的动乱，许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年，爱德华·玛斯（池田秀一 配音）以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里，他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛（柿原彻也 饰）互相赏识，成为模拟好友。 　　宇宙世纪0077年，学生们揭竿而起，发起了针对地球...