上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问...

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一次灾难性事件毁灭了文明，数千年后，人类已经适应，并进化出了新的生存方式。如今，巨大的移动城市在地球上漫步，无情地吞噬着小牵引城镇。汤姆·纳茨沃西（罗伯特·席安饰），来自大牵引城市伦敦的低层，在遭遇了危险逃犯海特·肖（海拉·希尔莫饰）后，不得不开始为生存而奋战。两个截然相反，本不该相遇的人，却意外结盟，他们注定将改变未来。...

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